Flora e Parkut Kombëtar “Alpet e Shqipërisë” karakterizohet nga një larmi bimësh, që arrijnë një shifër prej rreth 1500 – 1650 llojesh.
Numrin më të lartë të bimëve endemike dhe subendemike e arrijnë llojet e tilla si: Wulfenia Baldacci, Viola dukagjinica, Lilium albanicum, Alchemilla albanica Rothm., Ligusticum albanicum Jav., Gentianella albanica, si dhe relikte të tilla si hendufitet, shelgu, tisi etj.
Në park gjendet gjithashtu një faunë e pasur, e përbërë nga 20 lloje gjitarësh, 50 lloje shpendësh shtegtarë, 10 lloje zvarranikësh dhe 8 lloje amfibësh, të cilët jetojnë të qetë në habitatet e pasura me pyje të larta dhe ekosisteme malore apo alpine.
Alpet shqiptare shtrihen në veri të lumit Drin dhe në perëndim të rrjedhjes së poshtme të lumit Valbona (degë e Drinit). Ato përfshijnë pjesën veriore të vendit dhe zënë rreth 8 % të tij; kanë pozitë gjeografike tepër të izoluar, sepse rrugët që i lidhin ato me rajonet e tjera të vendit dhe trevat shqiptare jashtë kufirit, janë të pakta dhe në gjendje të keqe.
Tek Alpet dallohen blloqet, malësitë, kurrizet malore dhe luginat.
